宏基因组公众号2017年发展简史和十大热文盘点

回顾2017年,是宏基因组公众号从无到有的一年。从一人独行,到多人分享,更是我个人成长最大的一年,也同样是很多朋友事业再上新台阶的一年。感谢几十位贡献者,和1.2万关注者同我们一路一起走过,真诚邀请每位读者积极参与本领域知识和技术的分享,自己成长并造福同行。祝大家2018,一定要发papers!

宏基因公众号简史

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图1. 首条消息推送记录。当天我找了3个关注者,分别是我自己、我爱人和我妈

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图2. 时隔40多天才推送第二条消息,但已经有25个亲友闻讯支持我,虽然内容对他们大多无关。

注:此文创作是因为QIIME的虚拟机使用时会有大约1/3的电脑使用无法正常挂载外部硬盘(主要是权限问题),有多位同行找我帮忙解决过。共性问题,非常有必要创作了一篇带gif动画的教程,希望一文将此类问题一网打尽,以后大家再遇此类问题,只需看此文即可自行解决,造福同行,节省大家宝贵时间。

从这天起,公众号每日推送,从末间断。

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图3. 那个时代想成为原创是很难的(现在申请就是),很多人都説要原创连续坚持一个月,而当时我只坚持了14天就成功了,非常开心

后台基本统计数字

  • 183天,推送了295篇图文;
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  • 半年阅读近100万次,12月前30天阅读19万次,6.5万人,单篇文章平均每人阅读3次——看了又看;
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  • 1.2万关注者中,北京以2000+位居榜首,这也说明了北京集中了太多的大学和科研院所;
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  • 有些文章,会有几百人的分享和收藏,这才是我们的共享便利大家工作的意义;

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  • 连续182天每日推送,几乎每天凌晨发布,也养成了大家看了再睡的习惯——凌晨是每天阅读最高峰。
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2017十大热文盘点

Top 10. 16S预测微生物群落功能

阅读 2865 赞 16

本文介绍当今最广泛16S扩增子结果预测群落功能的4个软件数据库的简介、原理以及优缺点比较。目前1KO通路PICRUSt2元素循环FAPROTAX3表型bugbase的详细实操教程已经发布,累计阅读近万次。4KO通路Tax4Fun的使用笔记也将于近日分享。

点评:对于只做了16S扩增子分析的文章,群落功能预测已经成为了文章标配(随便在线分析一下就多了很多结果,而且还是免费的),即可以让故事完整,同时也是下一步实验的开始。

Top 9:宏基因组分析教程

阅读 4561 赞 30

一套本领域非常详细的英文讲解教程,有PPT+视频。内容涉及扩增子、宏基因组、宏转录组、常用软件等的原理和分析思路。快速入行必备。

点评:目前宏基因组领域公开的最好PPT版教材,本领域人才必修教材。

Top 8:扩增子图表解读-理解文章思路

阅读 3423 赞 26

本文是扩增子分析入门必读,分为图表解读、分析流程和统计绘图三部曲,三十多篇原创文章累计阅读过5万余次。

点评:扩增子分析实战精讲,有结果解读,更有测序数据和代码,不仅是国内唯一的详细中文教程,也是第一套全部开源的最详细教程。

Top 7:我们的未来在哪里?

阅读 3454 赞 41

严建兵教授,2015年获杰出青年基金,2016年入选长江学者奖励计划,华中农业大学植物科学技术学院院长,作物遗传改良国家重点实验室副主任。坚持博客写作11年,分享博文1435篇,此文创作于10年前,如果你读过此文,足以想到他会有今日的成绩。

点评:深度好文,从关于科研—如何从优秀到卓越;科研之外—目标不仅仅是学术;关于爱情,爱一个人还应该包括他(她)的缺点;我们的未来在哪里?共四个部分为青年科学家解惑,值得阅读。

Top 6:岛国科普—生命大跃进

阅读 6911 赞 15

《生命大跃进》,讲述了通过高通量测序(NGS)等一系列技术研究近四十亿年间的生命进化历程。日剧女神新垣结衣也有加盟,剧中一人分饰姐妹两角。特效堪比《权力的游戏》,轻松看片涨姿势。

点评:我见过的最好的进化科普材料,没有之一。从眼睛的诞生、母爱的诞生、到智慧的诞生,优秀的作品都有三部曲。

Top 5:微生物组入门必读+宏基因组实操课程

阅读 4992 赞 125

一名微生物组博后的学习历程,更是微生物组入门必修课程的系统总结。

点评:新人入此行必读,学习文中作者提到的精品课程,快速入行,少走弯路。

Top 4:你想要的生信知识全在这—生信宝典

阅读 5429 赞 28

生信宝典公众号历史文章汇总,过百篇生信基础干货,有系统Linux、Python、R、Cytoscape、Circos、AI等教程,值得收藏。

点评:合格的生信工程师,至少熟练使用Linux + Python + R三门语言,而它们在上文中都有。

Top 3:肠道菌群在人体中的作用

阅读 7815 赞 36

49分钟的纪录片,分三部分:肠道菌群与健康、肠道细菌与性格、肠道细菌从哪里来,汇总了本领域近30年的发展,图文并貌,浅显易懂。即适合专业人士全面了解本领域的研究热点,更适合大众科普。

点评:有英语国际版,更有日本综艺版,岛国的科普纪录片水平绝不亚于BBC,仍领先我国至少十年,值得学习。

Top 2:论文图表基本规范

阅读 7909 赞 46

很多己发表的论文图片丑的根本不能忍,学习论文图表规范,了解学术图片的基础知识,养成高标准论文图片排版的习惯。

点评:论文图表是论文中除摘要外最重要的内容,只通过图表和图注讲一个好故事是一门学问,同时让人看的赏心悦目更是一门艺术,学术人必修的技能。

Top 1:DNA提取也能发Nature?

阅读 10364 赞29

2017年的一篇Nature Biotechnology,评估了21种不同的DNA提取方法对肠道宏基因组测序结果的影响。

点评:重点不是DNA提取发了Nature,而是提DNA的不同方法和试剂盒间差异巨大,坑太深,不得不防。

致谢

本公众号的后台数据统计,包括谁是第一写手?谁是第一打赏金主?更详细的数据分析和Gordon大神的粉丝头像图云,己约稿生信媛创始人——天地本无心帮忙撰写,估计很快就可以和大家见面。

感谢以下公众号及个人对本平台的发展做出的贡献,如有遗漏请见谅(点击链接可直接访问友军公众号最新文章)。

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写在后面

宏基因组公众号经过半年发展,原创文章过百,关注人数12000+。为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外100+ PI,900+ 一线科研人员加入。参与讨论,获得专业解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码加主编好友带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路,仍末解决群内讨论,问题不私聊,帮助同行。
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学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组”
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