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刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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转载 一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr

本文转载自“EasyChart”,己获授权。本平台编辑对内容进行测试、修改和补充。Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化,但是如果要通过ggplot2定制一套图形,尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形,对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了,ggplot2的部分语法是很晦涩的。为此Alboukadel Kassambara创建了基于ggplo

2017-12-27 12:34:10 5161 1

原创 ggbiplot-最好看的PCA作图:样品PCA散点+分组椭圆+主成分丰度和相关

写在前面https://github.com/vqv/ggbiplot/blob/master/README.md前几天在《宏基因组0》微信讨论群看到了有人发了一个上面链接,点开一看居然是一条命令出帅图,真是太实用了。我立即使用本领域的OTU表上进行了测试,效果很好,现分享给大家,欢迎大家留言补充。ggbiplot简介ggbiplot是一款PCA分析结果可视化的R包工具,可以直接采用ggplot2来

2017-12-21 14:27:36 47136 9

转载 漫谈16S的前世今生

本文转载自“微微悦明”,已获授权。本人对内容有编辑和修改。16S的基础概念16S rDNA是细菌的系统分类研究中最有用的和最常用的分子钟,其种类少,含量大(约占细菌RNA含量的80%),分子大小适中,存在于所有的生物中,其进化具有良好的时钟性质,在结构与功能上具有高度的保守性,素有“细菌化石”之称。在大多数原核生物中rDNA都具有多个拷贝,5S、16S、23S rDNA的拷贝数相同。16S rDNA

2017-12-17 10:41:23 7400

原创 生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人

在生物学领域,随着二代测序和多组学的发展,生物信息工程师己经成为了生物学团队中不可或缺的岗位。差不多每个老板都想招一位懂生信的人才,在团队中承前启后,成为团队快速发展的引擎,全力为团队打Call。而现实是生信人才太稀缺,据不完全统计只有不到10%的团队中拥有独力分析组学数据的人才,而这部分人中水平也参差不齐,大部分是野路子自学成才,经验不足,很容易走入误区,分析结果容易出现各种常见问题。在广大粉丝的

2017-12-15 22:46:46 819

原创 16S预测细菌组表型-bugbase:革兰氏阴阳、生物膜、致病力、移动元件、氧气消耗等

基于16S OTU表预测细菌表型数据库,同时可进行组间差异分析BugBase Predicts Organism Level Microbiome Phenotypes Tonya Ward, Jake Larson, Jeremy Meulemans, Ben Hillmann, Joshua Lynch, Dimitri Sidiropoulos, John Spear, Greg Capor

2017-12-14 20:43:35 6375

原创 你想要的生物信息知识全在这——生信宝典文章目录

培训生物信息作图系列R、Cytoscape及图形排版和Python编程培训研讨班开课了120分的转录组考题,你能得多少维密摔倒不可怕,关键时有人搀一把,坚持走下去生物信息作图系列 - R、网络图及文章图形排版易生信转录组培训总结和优惠分享程序学习心得生物信息之程序学习如何优雅的提问生信宝典视频教程好色之旅-画图三字经转录组分析的正确姿势学习生信的系列教程学习生信的系列书籍

2017-12-10 11:51:38 3488 1

转载 Co-occurrence网络图在R中的实现

作者:陈亮 单位:中科院微生物所编者按:上个月菌群月坛,在军科院听取王军组陈亮博士分享网络分析的经验,不仅使我对网络的背景知识有了更全面的认识,更使我手上一个关于菌根的课题有极大的启示。这么好的知识,当然希望和大家分享,故约稿陈博士在“宏基因组”发布一下他的经验,感谢陈博士的整理和分享。下面是正文:网络分析背景知识近年来,随着计算机技术的发展,网络科学研究在社会网络方面的分析方法已经成熟,从而促进

2017-12-07 10:01:16 25067 14

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909),可下载后解压,替换Windows中R语包安装目录,如我的文档,R,win-libarary,4.0

2020-09-09

刘永鑫Adam的留言板

发表于 2020-01-02 最后回复 2020-08-23

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