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刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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原创 你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(190101)

文章目录征稿、转载、合作文章分类导航目录精选文章推荐培训、会议、招聘科研经验软件和数据库扩增子分析宏基因组分析Linux与ShellR统计绘图实验设计与技术基础知识一作解读文献精读综述泛读高分文章套路解读科普视频-寓教于乐科普图文写在后面欢迎点击上方蓝色"宏基因组"关注我们!本文“宏基因组”原创,更多文章点我跳转公众号阅读宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一,为加强本领域的...

2018-12-31 12:44:18 1102

转载 生态统计学里的数据转化与标准化

写在前面:我们组去年发表的一篇文章,很幸运的得到了国内同行的“指点”。仔细阅读檄文以后,深感统计学的思维和理念在生态学里的重要性,而写文章的同行跟我们的理解可能存在出入。认真回复的过程...

2018-12-31 00:00:00 225

转载 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性

本文转载自"生态学文献分享",已获授权基本概念从研究对象上来看,生态学的研究水平,主要包括个体、种群、群落和生态系统四个水平。根据《基础生态学》的定义:种群(popula...

2018-12-30 00:00:00 2720

转载 【深度好文】我们的未来在哪里?

本文作者严建兵教授于2007年以”种田农民“为笔名发表于其新浪博客的一篇博文,现在看来也很有启发性。今转载分享给大家,己获作者授权。严建兵教授,2015年获杰出青年基金,2016年入选长...

2018-12-30 00:00:00 98

原创 3分和30分文章差距在哪里?

好的分析和可视化,可以提供大量的信息,同时兼顾简洁优雅。今天我们抛开实验设计、方法和工作量等因素,仅从文章最吸引人的图片来讨论3分和30分(顶级)文章差距在哪里?以2017年8月25日发...

2018-12-30 00:00:00 118

转载 中文版NCCN指南PPT分享(36本)

《中文版NCCN指南》共36本每本都配有幻灯版(可编辑)说明:“本书可以说是全球肿瘤治疗圣经”地位之高,随时随地都需查阅。部分资源截图领取方法,分享此文至朋友圈或同行微信群,截图发至后台...

2018-12-30 00:00:00 105

原创 QIIME 2用户文档. 6沙漠土壤分析Atacama soil(2018.11)

文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 6阿塔卡马沙漠微生物组分析启动QIIME2运行环境实验数据下载双端数据分析方法去噪并生成特征表和代表序列接下来分析要回答的科学问题Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装2插件工作流程概述3老司机上路指南4人体各部位微生物组分析5粪菌移植分析练习QII...

2018-12-29 21:18:35 992

原创 一作解读Microbiome:所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗?

Microbiome杂志2018年12月26日在线发表山东大学海洋学院杜宗军组关于“未培养微生物可培养机制”的文章,在此向杜宗军团队表示祝贺,同时很高兴邀请到第一作者穆大帅副教授亲自为大家带来最原汁原味的解读。Microbiome:所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗?第一作者:穆大帅通讯作者:杜宗军单位:山东大学官方新闻稿转自山东大学(威海)海洋学院官网...

2018-12-29 10:17:23 2107

原创 微生物组学与植物病害微生物防治

点击上方蓝色「宏基因组」关注我们!1.植物微生物群落的构成在自然界中无病症的植物都与大量的细菌,真菌,病毒以及原生动物等微生物共生,大家把这些微生物统称为植物微生物组。植物微生物组由根...

2018-12-29 00:00:00 964

原创 Nature: 拟南芥微生物组功能研究1培养组学—高通量细菌分离培养鉴定

点击上方蓝色「宏基因组」关注我们!背景介绍在近年来,随着宏基因组技术的发展,对原核生物的纯培养逐渐被忽视,但纯培养对于阐明这些微生物的功能是必需的。本文是2015末发表在Nature的A...

2018-12-29 00:00:00 441

转载 如何用FAPROTAX预测微生物群落功能

前言本文转载自微生物生态公众号,己获授权。主编刘永鑫对本文进行了测试、版本更新、添加部分操作代码。前段时间卢瑟菌已经给大家普及了基于原核16S rDNA高通量测序结果对微生物群落功能或表...

2018-12-28 07:20:31 3435

原创 2019微生物组——扩增子16S分析和功能预测专题培训开课啦!

在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年1月11-13日北京鼓楼推出《扩增子有参无参分析和功能预测》专题培训第二期,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个...

2018-12-27 00:00:00 178

转载 Ecol. Lett. | 生态学实验设计中“梯度实验”和“重复实验”的抉择

本文转载自"生态学文献分享",已获授权To replicate, or not to replicate – that is the question: how to t...

2018-12-27 00:00:00 325

原创 QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT) study

文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习启动QIIME2运行环境实验数据下载序列质控评估生成特征表和代表性序列查看去噪过程统计合并不同批的代表序列和特征表表1. OTU表总结表2. 样品数据量分布表3. 特征表频率统计多样性分析Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装2插件工作流程概...

2018-12-26 11:19:26 929

转载 植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析

点击上方蓝色「宏基因组」关注我们!专业干货每日推送!MWAS简介微生物组关联分析(Microbiome/Metagenome-wide association studies , MWA...

2018-12-26 00:00:00 302

原创 QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组分析实战Moving Pictures(2018.11)

文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组启动QIIME2运行环境样本元数据下载和导入数据拆分样品序列质控和生成特征表方法1. DADA2方法2. Deblur特征表和特征序列汇总构建进化树用于多样性分析Alpha和beta多样性分析Alpha稀释取线物种组成分析使用ANCOM差异丰度分析译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交...

2018-12-25 21:05:57 4983 1

转载 Nature综述——真菌的多样性:真菌的高通量测序及鉴定

本文转载自"Listenlii",已获授权之前的引物覆盖度评价系列第5篇(R计算引物覆盖度),有人留言推荐了这篇文章。是Nature reviewsMicrobiolo...

2018-12-25 00:00:00 1285

原创 功能预测之Tax4Fun

之前在公众号的文章《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》阅读人数近3000人,有需求的用户还是非常多的。其中提到了4个软件,之前已经介绍了其中非常有特点的三种,分别为:PICRUSt预...

2018-12-25 00:00:00 1912

原创 用在线RaxML构建系统发育树

前面有期内容给大家分享了一文读懂进化树,但如何构建一个专业且美观的进化树呢?相信有很多读者都会用MEGA软件进行系统发育树的构建,Mega是一款简单易用的系统发育分析软件,也被国内外期刊...

2018-12-25 00:00:00 3597 1

原创 【震惊】漱口水居然增加糖尿病,高血压发病率

前一阵子,油腻的中年人一下子成为大家吐槽的对象。为了告别油腻形象,趁着双十一囤了三大瓶某品牌的冰蓝漱口水。漱口水的用法上写到,早晚刷牙后,或需清洁口腔时使用。(伏笔:反正建议每天的使用次...

2018-12-23 00:00:00 99

原创 ggbiplot-最好看的PCA作图:样品PCA散点+分组椭圆+变量贡献与相关

ggbiplot简介ggbiplot是一款PCA分析结果可视化的R包工具,可以直接采用ggplot2来可视化R中基础函数prcomp() PCA分析的结果,并可以按分组着色 、分组添加不...

2018-12-23 00:00:00 2072

转载 当它们在吃屎时,它们在吃什么?——童子屎居然延年益寿

本文转载自“SME科学故事”,已获授权当动物在吃屎的时候,它们在吃什么?别嫌弃这样的问题恶心,这可是近年来科学界的热门研究。它对我们理解自然很重要,也对人类发展颇具启发。当下“吃屎”医...

2018-12-23 00:00:00 201

原创 QIIME 2用户文档. 3老司机上路指南(2018.11)

文章目录前情提要老司机上路指南为什么要改用QIIME 2?老司机上路前的几点建议数据处理步骤数据导入样本拆分双端合并去除非生物序列相似序列分组去噪OTU聚类物种分类分析特征表获得新发现数据导出新的插件附录1. 可导入的重要数据格式附录2. 可导入的重要数据类型译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装2插...

2018-12-22 00:11:45 4018

原创 NEJM | 益生菌LGG治疗肠胃炎无效,Immunity|LGG促进生骨

亦正亦邪,骨骼惊奇的LGGLGG,这既不是你家雪地靴UGG的山寨品牌,也不是“老公公”的简称,今天我们来聊的是一款颇负盛名的益生菌——鼠李糖乳杆菌GG(Lactobacillus rha...

2018-12-22 00:00:00 100

原创 Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多红肉对身体真的不好,直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎……

文章目录吃太多红肉对身体真的不好,直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎……心血管疾病风险与乳腺癌发病相关增加男性憩室炎风险红肉还是少吃为妙Reference作者简介猜你喜欢写在后面吃太多红肉对身体真的不好,直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎……年末岁初,各种聚会成为了每天的日常安排,Lily爸妈在最近一周就参加了五场party。作为无肉不欢的典型食肉动物,每次聚餐各种肉食自然是席间首选,其中,红肉是绝对...

2018-12-21 20:29:15 415

原创 QIIME 2用户文档. 2插件工作流程概述(2018.11)

文章目录前情提要QIIME 2 插件工作流程概述零基础上手开始前重要的知识点样本拆分 Demultiplexing去噪和聚类去噪聚类特征表物种分类和分类学分析序列分类注释后多序列比对和进化树构建多样性分析玩转特征表译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装QIIME 2 插件工作流程概述Overvie...

2018-12-20 20:40:15 1884

原创 2019微生物组—宏基因组分析专题培训开课啦!

在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2019年3月22-24日,北京鼓楼推出《宏基因组分析》专题培训第三期,为大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个宏基因组分析学...

2018-12-19 00:00:00 180

转载 微生物培养的福音:一个直接用16S rDNA序列来预测其培养基配方的网站!!!...

本文转载自“微生物生态”,己获授权,本平台编辑对内容进行测试和更新。今天卢瑟菌给大家隆重推出一个超级好的网站,网站名字叫KOMODO(Known Media Database),没错,网...

2018-12-18 00:00:00 91

原创 QIIME 2:可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程

文章目录QIIME2:可重复、可交互、适用范围广和可扩展的微生物组数据科学摘要正文图1. 交互式可视化工具图2. 迭代记录数据来源确保分析可重复代码可用在线方法提取QIIME2的存档内容附图附图1. QIIME2原理图附图2. QIIME2界面各类附图3. QIIME2文档类型和结构作者列表单位列表Reference猜你喜欢写在后面2010年发表于Nature Methods的QIIME[发音同...

2018-12-17 13:08:44 1167

原创 QIIME 2用户文档. 1简介和安装(2018.11)

文章目录写在前面QIIME 2优势入门指南什么是QIIME 2?核心概念安装原生安装QIIME 2虚拟机安装使用VirtualBox方式安装亚马逊云安装使用Docker方式安装QIIME 2 2018.11版本核心插件附1. 核心概念数据文件: QIIME 2文件数据文件:可视化语义类型插件方法和可视化下一步附录2. 名词解释Glossary附录3. 常用的语义类型semantic types为什...

2018-12-17 13:01:01 3601

转载 DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组

推荐指数:★★★★★阅读时间:6分钟文本字数:2260字推荐理由:佳作推荐文章介绍了一种去重、聚合和评分策略——DAS工具,它灵活的结合了已建立的binning算法的优点。将DAS工具...

2018-12-17 00:00:00 221

原创 再这么配培养基,你的细菌都被毒死了!

文章目录微生物培养基的前世过氧化氢的产生导致许多微生物不能生长实验设计具体实验方法三种不同环境样品分离培养实验非培养高通量测序与分离培养结果比较总结**References:**猜你喜欢写在后面本文“宏基因组”公众号原创。作者:猴头菇5518编辑:metagenome微生物培养基的前世微生物学家使用琼脂培养基已有120多年的历史。在1880年,著名的微生物学家科赫(提出病原微生物科赫氏法...

2018-12-16 19:52:12 2953

转载 傅静远|对菌群影响药效和毒性的全面总结(12000字)

本文转载自“热心肠先生”,已获授权2018年5月,Protein & Cell杂志特别为中国肠道大会推出了主题为“Microbiota and Human Health”的专刊...

2018-12-16 00:00:00 410

原创 亦正亦邪,骨骼惊奇的LGG

文章目录亦正亦邪,骨骼惊奇的LGG对急性肠胃炎没啥用帮助生骨未来可期作者简介猜你喜欢写在后面亦正亦邪,骨骼惊奇的LGGLGG,这既不是你家雪地靴UGG的山寨品牌,也不是“老公公”的简称,今天我们来聊的是一款颇负盛名的益生菌——鼠李糖乳杆菌GG(Lactobacillus rhamnosus GG),简称为LGG。Lactobacillus rhamnosus GG 图片来源:https:/...

2018-12-14 19:19:09 502

原创 微生物环境因子分析(RDA/db-RDA)-“ggvegan“介绍

前言在进行微生物多样性分析时,大家一定会做α,β多样性分析。通俗来讲,α多样性就是样本内的物种多样性。β多样性是指在地区尺度上,物种组成沿着某个梯度方向从一个群落到另一个群落的变化率。即...

2018-12-14 00:00:00 2849 1

原创 Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图

文章目录利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图准备物种和环境数据根据前向选择的结果重分析根据Effects重分析参考文献猜你喜欢写在后面利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图作者:中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。Canoco常用的版本1998和...

2018-12-13 21:43:22 54685 79

原创 Cell Host综述-建立因果关系:合成菌群在植物菌群研究中的机会

本文“宏基因组”公众号原创。编译作者:小钢蛋,编辑:metagenomeEstablishing Causality: Opportunities of Synthetic Commun...

2018-12-13 00:00:00 372

原创 ISME:菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸

自然界中,植物、细菌和真菌共同存在于土壤中,在共同进化的过程中,彼此之间必然相互影响,协同进化。已有大量研究工作报道指出植物与其根际细菌、植物与菌根真菌两两互作的模式以及细菌影响菌根真菌的模式,比如土壤细菌组会抑制菌根真菌的活力(Svenningsen et al., 2018)、某些细菌有助于菌根真菌在根表的定殖等。而关于菌根真菌影响细菌的报道还较少!另一方面,以往研究只考虑到根系的一些...

2018-12-11 08:38:31 2698 2

转载 Nature综述 | Rob Knight手把手教你分析菌群数据(全文翻译1.8万字)

本文转载自“热心肠先生”,己获授权。导读自然微生物综述(2017 IF:31.851)于2018年5月23日在线发表了Rob Knight亲自撰写(一作兼通讯)的微生物组领域研究方法综述...

2018-12-10 00:00:00 448

原创 R语言:数据筛选match

数据筛选是在分析中最常用的步骤,如微生物组分析中,你的OTU表、实验设计、物种注释之间都要不断筛选,来进行数据对齐,或局部分析。今天来详解一下此函数的用法。matchmatch:匹配两个向量,返回x中存在的返回索引或TRUE、FALSEmatch函数使用格式有如下两种:第一种方便设置参数,返回x中元素在table中的位置match(x, table, nomatch = NA_inte...

2018-12-09 13:27:37 21815

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909),可下载后解压,替换Windows中R语包安装目录,如我的文档,R,win-libarary,4.0

2020-09-09

刘永鑫Adam的留言板

发表于 2020-01-02 最后回复 2020-08-23

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