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刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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转载 CEJ:西安理工赵亚乾组冠状病毒在水中传播特征、可能遏制策略与研究挑战

杂志:Chemical Engineering Journal [IF: 10.652]第一作者:嵇斌通讯作者:赵亚乾通讯单位:西安理工大学论文DOI:https://doi.org/1...

2020-12-31 07:00:00 161

转载 用户稿件 | 好家伙,到底谁在用TBtools?

导语老友邵扬(与我年龄相仿,尚在海外留学)详细整理了自TBtools预印本上传(2018年)以来,引用了TBtools的文稿信息。这份资料和TBtools本身开发是类似的。一不小心,就可...

2020-12-30 07:00:00 207 2

转载 ESI最新排名:中国科学院大学超清北,居中国内地第一

导读ESI最新排名出炉,中国内地有学科进入全球前1%的318所高校中,中国科学院大学全球排名66位居第一,清华大学全球排名76居第二,北京大学全球排名80位屈居第三。近日,科睿唯安(Cl...

2020-12-30 07:00:00 146

转载 ISME:比较基因组学揭示蓝藻进化和生境适应性特征

点击蓝字 关注我们编译:高寒 校稿:张哲论文ID原名:Comparative genomics reveals insights into cyanobacterial evol...

2020-12-29 07:00:00 273

转载 刘永鑫:20分钟讲解微生物组数据分析与可视化实战

编者按:2020 年 12 月 21 日,国内著名英文期刊 Protein & Cell 与热心肠研究院合作,成功举办了“Protein & Cell人类微生物组专刊线上...

2020-12-29 07:00:00 289

转载 Nature分享:如何写好高被引综述论文?

综述类论文是科学家的重要资源。它们可以提供一个领域的历史背景,以及关于该领域未来发展的个人看法。同时,撰写这类文章可以为自己的研究提供灵感,还可以做一些写作练习。不过,很少有科学家接受过...

2020-12-28 07:00:00 109

转载 SBB:长期施肥降低了控制土壤微生物群落演替的随机性

编译:艾奥里亚,编辑:小菌菌、江舜尧。原创微文,欢迎转发转载。导读确定生态演替的驱动因素对于预测生态系统功能以应对人类活动所引起的环境变化至关重要。尽管各种研究都探讨了氮(N)对植物和微...

2020-12-28 07:00:00 516

原创 QIIME 2教程. 06沙漠土壤分析AtacamaSoil(2020.11)

科学网对Markdown排版支持较差,对格式不满意的用户请跳转至 CSDN 或“宏基因组”公众号阅读;声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chin

2020-12-27 16:39:10 5340

转载 ImageGP新上工具:序列提取ID、motif、翻译、反向互补

FASTA序列按名字提取FASTA序列按motif模式提取计算互补和反向互补序列蛋白六框翻译百度或谷歌搜索ImageGP访问http://www.ehbio.com/Cloud_Plat...

2020-12-27 07:00:00 107

转载 ISME: 北大吴晓磊课题组揭示合作演化新机制:“自私”驱动合作关系的建立?...

编译:王淼啸,编辑:小菌菌、江舜尧导读在微生物群落当中,微生物个体分泌的有益代谢物会不可避免的“泄漏”到环境当中。这些代谢物可能被其他微生物个体所获取,从而成为可供整个群体分享的“公共物...

2020-12-27 07:00:00 328

转载 未来到底是什么样子?

又到了年底,开始各类总结。而我,则经常在想:自己的明年这时会是什么样子、未来又会是什么样子?自己的未来是什么样子?借用某思维的话:现在就是未来。就如我经常感谢在考取重点高中、大学、硕士、...

2020-12-27 07:00:00 44

原创 蚂蚁森林合种计划(2020.12.26更新,7天有效)

种树,让地球更美丽、更健康宏基因组蚂蚁森林公益合种团队。现诚招队友,带你3000~5000g能量种10~20万能量大树,每天浇水一千,每种树循环种。热爱种树、保证支付宝每天10点前浇水1...

2020-12-26 07:00:00 443 1

转载 为什么越来越多硕博人消失在朋友圈?

曾几何时我们慢慢地发现自带学霸神秘光环的硕博人们他们发朋友圈的次数越来越少了有时候想看看TA的近况点进朋友圈除了显示仅三天可见的字眼再也没有别的了后来我才知道运来他们不发朋友圈的日子都在...

2020-12-26 07:00:00 85

转载 哈钦森之问:动物的种类为何如此丰富?

扉页寄语:翻译本文是2019年5月立下的目标,断断续续一年半,终于完成。2019年5月17日,我们公众号翻译了一篇哈钦森先生的传记(高山仰止 | “现代生态学之父”—乔治·伊夫林·哈钦...

2020-12-26 07:00:00 152

转载 ARM:钒和铁替代固氮酶的前世今生

原文信息原文标题: Iron-Only and Vanadium Nitrogenases: Fail-Safe Enzymes or Something More?发表期刊:Annua...

2020-12-26 07:00:00 191

原创 QIIME 2教程. 04人体微生物组分析Moving Pictures(2020.11)

声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时更新,新阅读英文原版 https://docs.qi

2020-12-24 23:50:22 11568 4

转载 ISME:长江流域Comammox Nitrospira的群落、生物地理学和生态驱动者

论文题目:Comammox Nitrospira within the Yangtze River continuum: community, biogeography, and eco...

2020-12-24 09:00:00 336

转载 东北农业大学农学院程晓非教授荣获植物病毒学国家“优青”资助

2020年,东北农业大学农学院“80后”程晓非教授申报的“植物病毒学“获得国家自然科学基金优秀青年科学基金项目立项,资助金额120万元。该项目的获批实现了东北农业大学国家自然科学基金优秀...

2020-12-23 07:00:00 160

原创 MPB:微生物群落构建过程的空间可视化方法

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末...

2020-12-23 07:00:00 503 3

转载 R包vegan的Mantel tests探索群落物种组成是否与环境相关

R包vegan的Mantel testsMantel tests是确定两组距离测度矩阵(而非两组变量矩阵)之间相关性的相关性测试方法,用于判断一个矩阵中的样本距离与另一矩阵中的样本距离是...

2020-12-22 07:00:00 1741

转载 做科研已经很辛苦了,为什么还要做PPT汇报?

作为一名学术科研人士,在埋首文献、实验之余,向他人清晰阐述自己的研究内容也同等重要。科研成果汇报、学术交流、教学教研、述职报告等等场合都要用到PPT。尽管用到PPT的场合非常多,但他们的...

2020-12-22 07:00:00 134

转载 Science综述:人类与微生物共进退

导语Taichi A. Suzuki & Ruth E. Ley. (2020). The role of the microbiota in human genetic ada...

2020-12-21 07:00:00 160

转载 面对万亿级测序市场,纳米孔测序技术何去何从?

这是《肠道产业》第 482篇文章【直播预告】“Protein& Cell人类微生物组专刊线上论坛” 12月21日晚7点开播,敬请期待!(点击查看详情)编者按:牛津纳米孔技术公司...

2020-12-20 07:00:00 116

原创 Molecular Plant: 王二涛组及合作者揭示丛枝菌根共生与根瘤共生的协同进化机制...

Molecular Plant: 王二涛课题组及合作者揭示丛枝菌根共生与根瘤共生的协同进化机制丛枝菌根共生通过调节根际微生物促进豆科植物与根瘤菌共生Mycorrhizal Symbios...

2020-12-20 07:00:00 504 3

原创 MPB:EGFP荧光标记大肠杆菌的构建

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末...

2020-12-19 07:00:00 433 6

转载 高颜值免费在线SCI绘图工具增加上传功能

百度或谷歌搜索 ImageGP或点击阅读原文可跳转到新版绘图网站!http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/在线绘图的方便在于随时都可打开使...

2020-12-19 07:00:00 114 1

原创 蚂蚁森林合种计划(2020.12.19更新,7天有效)

种树,让地球更美丽、更健康宏基因组蚂蚁森林公益合种团队。现诚招队友,带你3000~5000g能量种10~20万能量大树,每天浇水一千,每种树循环种。热爱种树、保证支付宝每天10点前浇水1...

2020-12-19 07:00:00 164

原创 MPB:猪胃肠道内容物和黏膜样品采集与微生物组成分析

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末...

2020-12-18 07:00:00 522 6

转载 Nature子刊 | 全球变化因子对土壤微生物多样性和功能的影响

文章亮点:【1】 微生物稀有物种(Rare species)比普通物种(Common species)对全球变化因子更敏感【2】土壤pH可以解释全球变化因子引起的微生物alpha多样性的...

2020-12-18 07:00:00 509 1

转载 Science:组合图表绘制

写在前面有些事情做了很痛苦,但是不做更难受。比如今天谈到的这件事情,我花了一天加一个晚上时间才写了一个这个功能:Science组合图表的实现。这部分一共写了三个函数,一个门特尔检验,一个...

2020-12-17 07:00:00 322 1

转载 为什么你“越努力,越焦虑”?背后原因,99%的人都忽略了……

和好朋友聊天,听到最多的词,就是“焦虑”。尤其是读研究生、做科研、当医生等重脑力劳动,似乎每个阶段都充斥着焦虑。如何一劳永逸地解除职业焦虑?发表了4篇Cell的最牛研究生Ronald D...

2020-12-17 07:00:00 70

原创 QIIME2教程. 03老司机上路指南Experience(2020.11)

老司机上路指南QIIME 2 for Experienced Microbiome Researchershttps://docs.qiime2.org/2020.11/tutorial...

2020-12-17 07:00:00 522

转载 “秒杀”谷歌!这个生物科研工具,可爬取全网中外文献

连着被放了两个月鸽子,我今天总算是约到了最近“肝”论文到头秃的闺蜜小北。前阵子,小北的硕士论文进入了瓶颈期,每天在电脑前从早坐到晚,一点儿成果也没有,头发倒是掉了不少。在网上的海量文献...

2020-12-17 07:00:00 130 1

原创 Nature:空间扩展生境定殖的进化稳定性策略

一种生物扩张栖息地的进化稳定策略An evolutionarily stable strategy to colonize spatially extended habitatsNatu...

2020-12-17 07:00:00 481

转载 17日南土所蒋瑀霁报告:红壤团聚体尺度养分转化的生物学过程(线虫-微生物互作机制)...

第二十四期????2020年12月17日 晚上19:30点本期主讲| 中国科学院南京土壤研究所 蒋瑀霁研究员研究内容|农田土壤养分循环的生物驱动机制●报名通道●1.直接扫...

2020-12-16 07:00:00 167

转载 高级转录组分析和R语言数据可视化第十三期 (线上线下同时开课)

“福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次...

2020-12-16 07:00:00 281

原创 Communications Biology: 浙工大钱海丰组等发现浮丝藻水华促进抗性基因传播转移

蓝藻水华影响水生生态系统中抗生素抗性基因多样性Cyanobacterial blooms contribute to the diversity of antibiotic-resist...

2020-12-16 07:00:00 593

转载 国家微生物科学数据中心推出免费一站式生物信息分析云平台

产生了大量的微生物组学数据,想进行数据分析不知道使用什么工具?不会使用Linux系统?不会写代码?没有合适的参考数据库?计算资源不足?现在这些问题都可以通过国家微生物数据中...

2020-12-16 07:00:00 241

原创 QIIME 2教程. 02插件工作流程Plugin Workflows(2020.11)

QIIME 2插件工作流程概述Overview of QIIME 2 Plugin Workflows英文原文见:https://docs.qiime2.org/2020.11/tuto...

2020-12-15 11:00:00 187

转载 如何随意截断ggplot2图像的y轴?

gg.gap诞生记“站长,小站工具qPCR在线分析功能非常好,但有些基因的表达量太高了,图做出来值非常大,能否想prism那样把y轴做个截断呢?”面对的疑问,站长最开始并没有想到去开发一...

2020-12-15 11:00:00 656 1

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909),可下载后解压,替换Windows中R语包安装目录,如我的文档,R,win-libarary,4.0

2020-09-09

刘永鑫Adam的留言板

发表于 2020-01-02 最后回复 2020-08-23

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