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刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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原创 QIIME 2教程. 14数据评估和质控q2-quality-control(2021.2)

数据评估和质控q2-quality-controlEvaluating and controlling data quality with q2-quality-controlhttps:...

2021-03-31 07:00:00 114

原创 MPB:川农罗玉衡组-​​猪肠道食糜和血清中短链脂肪酸浓度的测定

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅...

2021-03-31 07:00:00 299

转载 迎娶了校花的学霸,竟把日子过成了这个样子!

如果有人问你,你努力学习与工作的目的是什么?不同人会有不同回答。我的回答是:为了有更多选择权。正如学长Dr. 王,他选择了校花,选择了直接去做副教授;也可以选择留更多时间陪孩子们。而这一切...

2021-03-30 08:16:00 64

原创 MPB:青岛大学苏晓泉组-使用Meta-Apo对16S扩增子的微生物组功能信息进行校正

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅...

2021-03-30 08:16:00 95

原创 QIIME 2教程. 13训练特征分类器TrainingFeatureClassifiers(2021.2)

训练特征分类器Training feature classifiers with q2-feature-classifierhttps://docs.qiime2.org/2021.2/t...

2021-03-30 08:16:00 151

原创 MPB:南土所褚海燕组-​​利用种分布模型绘制微生物分布图谱

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅...

2021-03-29 07:00:00 110

转载 如何评估随机森林模型以及重要预测变量的显著性

如何评估随机森林模型以及重要预测变量的显著性说到随机森林(random forest,RF),想必很多同学都不陌生了,毕竟这些机器学习方法目前非常流(fàn)行(làn)……白鱼同学也曾分...

2021-03-29 07:00:00 1231 2

原创 QIIME 2教程. 12数据筛选Filtering data(2021.2)

QIIME 2用户文档. 12数据筛选Filtering datahttps://docs.qiime2.org/2021.2/tutorials/filtering/注:此实例需要完成本...

2021-03-29 07:00:00 108

转载 生物技术行业十年回顾:微生物组发展未达预期?

这是《肠道产业》第 528 篇文章,原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/gm1D3t5xz6mUssq2tdQUQg编者按:在迈入新的下一个十年之际,我们需要对...

2021-03-28 07:00:00 40

原创 QIIME 2教程. 11元数据Metadata(2021.2)

QIIME 2用户文档. 11元数据Metadata in QIIME 2https://docs.qiime2.org/2021.2/tutorials/metadata/注:此实例需要...

2021-03-28 07:00:00 150

转载 Gut Microbes:中科院微生物所王军组在新冠病人肠道病毒组研究取得新进展

近日,中科院微生物所王军研究组利用已建立的肠道病毒组的研究方法(Cao et al, Medicine in Microecology, 2020, 4:100012)结合Nanopore...

2021-03-27 07:00:00 79

原创 MPB:林科院袁志林组-一种简易的植物组织表面消毒装置

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅...

2021-03-27 07:00:00 62

原创 QIIME 2教程. 10数据导出ExportingData(2021.2)

QIIME 2用户文档. 10数据导出https://docs.qiime2.org/2021.2/tutorials/exporting/Exporting data注:最好按本教程顺序...

2021-03-27 07:00:00 79

转载 植树月收尾:31号抢胡杨

种树,让地球更美丽、更健康宏基因组蚂蚁森林公益合种团队。现诚招队友,带你3000~5000g能量种10~20万能量大树,每天浇水一千,每种树循环种。热爱种树、保证支付宝每天10点前浇水10...

2021-03-27 07:00:00 87

原创 MPB:林科院袁志林组-​内生镰刀菌基因组染色体级别组装和注释

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅...

2021-03-26 07:00:00 131

原创 QIIME 2教程. 09数据导入Importing data(2021.2)

QIIME 2用户文档. 9数据导入Importing data原文地址:https://docs.qiime2.org/2020.11/tutorials/importing/为了使用Q...

2021-03-26 07:00:00 318

原创 Cell:损伤和微生物模式的共同作用控制着根部的局部免疫反应

损伤和微生物模式的共同作用控制着根部的局部免疫反应Co-incidence of Damage and Microbial Patterns Controls Localized Immu...

2021-03-26 07:00:00 367

原创 FPS综述:植物次生代谢物与微生物组互作研究进展

植物次生代谢物与微生物组互作研究进展综述Linking Plant Secondary Metabolites and Plant Microbiomes: A ReviewFrontie...

2021-03-25 07:00:00 420

转载 Nature子刊:残留DNA在土壤中含量丰富并且模糊了对土壤生物多样性的估计

1. 摘要: 死亡微生物的胞外DNA可以在土壤中保存数周至数年。虽然人们隐式地认为从土壤中提取的微生物DNA主要代表完整的细胞,但目前还不清楚细胞外DNA如何影响微生物多样...

2021-03-25 07:00:00 138 1

原创 QIIME 2教程. 08差异丰度分析gneiss(2021.2)

QIIME 2用户文档. 8差异丰度分析gneissDifferential abundance analysiswith gneiss原文地址:https://docs.qiime2....

2021-03-25 07:00:00 128

转载 第三届青年生命科学论坛(北京6月)微生物组学方向报告人征集

2021年6月4-6日中国 · 北京报名网址:http://conference.the-innovation.org“青年生命科学论坛”是由中国科学院青年创新促进会生命科学分会发起,吸引...

2021-03-24 07:00:00 506

原创 QIIME 2教程. 07Cell帕金森小鼠Parkinson's Mouse(2021.2,最佳实战)

QIIME 2用户文档. 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse Tutorial原文地址:https://docs.qiime2.org/2021.2/tutorials/p...

2021-03-24 07:00:00 251

原创 MPB:林科院袁志林组-毛白杨根系内生真菌互作体系构建方法

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅...

2021-03-23 07:00:00 125

原创 QIIME 2教程. 06沙漠土壤分析AtacamaSoil(2021.2)

QIIME 2用户文档. 6阿塔卡马沙漠微生物组分析原文地址:https://docs.qiime2.org/2021.2/tutorials/atacama-soils/此实例需要一些基...

2021-03-23 07:00:00 273

原创 ISME:海洋氨氧化古菌的营养能量策略决定其生物地理学分布格局

海洋氨氧化古菌的营养能量策略决定其生物地理学分布格局题目:Alternative strategies of nutrient acquisition and energy conserv...

2021-03-23 07:00:00 120

转载 MPB:青岛大学苏晓泉组-全球微生物组整体结构和功能的搜索

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2021-03-22 07:00:00 72

转载 拉开你和同龄人差距的,不是基因,不是努力,而是……

美国作家托马斯·科里,用了5年时间,研究了233位富翁与128位普通人的生活,得出结论:能决定人和人差距的,绝不仅仅是基因和努力,而是习惯。30岁以前,我们养成了习惯;30岁以后,习惯造就...

2021-03-22 07:00:00 89

原创 MPB:水稻根系微生物组研究中的样本种植、取样和16S rRNA基因扩增子文库制备方法...

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2021-03-21 07:00:00 685

转载 MPB:中大李文均组-​热泉高温细菌分离培养方法

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2021-03-21 07:00:00 213

原创 ISME:南土所梁玉婷组-不同气候条件下微生物代谢及残体介导施肥对土壤有机碳的影响...

不同气候条件下微生物代谢及残体介导施肥对土壤有机碳的影响Microbial metabolism and necromass mediated fertilization effect o...

2021-03-20 07:00:00 288

转载 科学通报:合成微生物群落的构建与应用

合成微生物群落是当前研究的热点,本文主要从造物致知、造物致用两方面,回顾了现有合成微生物群落的构建方法与理论基础,以及合成群落潜在的应用方向,并对运用合成生物学手段在这一领域的应用前景进行...

2021-03-20 07:00:00 192

转载 植树月收尾:合种油松/华山松/云杉/胡杨

种树,让地球更美丽、更健康宏基因组蚂蚁森林公益合种团队。现诚招队友,带你3000~5000g能量种10~20万能量大树,每天浇水一千,每种树循环种。热爱种树、保证支付宝每天10点前浇水10...

2021-03-20 07:00:00 145

原创 QIIME 2教程. 05粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant(2021.2)

QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT) study: an exercisehttps://docs.qiime2....

2021-03-20 07:00:00 333

转载 高级转录组调控分析和R语言数据可视化第十三期 (线上/线下同时开课)

福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程、转录组线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在365天内选择参加同课...

2021-03-19 08:07:31 147

转载 MPB:中科院城环所杨军组-​​淡水浮游细菌群落采集、过滤与保存

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2021-03-19 08:07:31 201

原创 QIIME 2教程. 03老司机上路指南Experience(2021.2)

老司机上路指南QIIME 2 for Experienced Microbiome Researchershttps://docs.qiime2.org/2021.2/tutorials/...

2021-03-18 07:00:00 386

原创 MPB:利用无菌植物和可培养细菌体系研究根系微生物组功能

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2021-03-18 07:00:00 185 1

原创 MPB:南京​湖泊所王建军组-​群落构建过程的定量指标——扩散-生态位连续体指数...

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅...

2021-03-17 07:00:00 209 1

原创 MPB:扬州大学王梦芝组-​​反刍动物瘤胃原虫的分离培养与形态学分析

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅...

2021-03-17 07:00:00 43

原创 QIIME 2教程. 02插件工作流程Plugin Workflows(2021.2)

QIIME 2插件工作流程概述Overview of QIIME 2 Plugin Workflows英文原文见:https://docs.qiime2.org/2021.2/tutori...

2021-03-17 07:00:00 277 1

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909),可下载后解压,替换Windows中R语包安装目录,如我的文档,R,win-libarary,4.0

2020-09-09

刘永鑫Adam的留言板

发表于 2020-01-02 最后回复 2020-08-23

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