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刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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转载 一文搞定细菌基因组De Novo测序分析

本文转自基因的生物信息学分析,链接https://mp.weixin.qq.com/s/xWOlv5WVJ7LwTuRQDXmGzg以一个细菌的测序数据为例子,介绍细菌基因组测序分析流程...

2021-04-30 07:00:00 665 1

转载 Nature:深大李猛组揭示阿斯加德古菌新门(悟空古菌)及其与真核生物的关系

Expanded diversity of Asgard archaea and their relationships with eukaryotesNature [IF:42.778]...

2021-04-30 07:00:00 90 1

原创 Microbiome:animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包

animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包animalcules: interactive microbiome analytics and visualization in...

2021-04-29 07:00:00 422

转载 免费申领Bio-protocol单细胞研究实验方法精选集

点击上方蓝字关注Subscribe for more去年,Bio-protocol推出了再版精选集第一辑,非常高兴得到了读者的广泛欢迎和好评,感谢大家对Bio-protocol的认可和信...

2021-04-29 07:00:00 78

转载 研究生新生进入实验室后,如何成长?5点建议分享

作者|罗民研究生和本科生有何不同,你当然可以说出很多不同之处。我认为有一个显著的不同之处就是:从个人奋斗到团队奋斗的转变。在本科阶段,一个学生是作为一个个体在学习,从老师,从同学,从学校环...

2021-04-28 07:00:00 81

原创 NBT:可重复交互式的微生物组分析平台QIIME 2(2021.4发布)

QIIME 2021.4版本发布:https://docs.qiime2.org/2021.4/本文是软件介绍,接下来将更新软件中文使用教程2010年发表于Nature Methods的Q...

2021-04-28 07:00:00 284

转载 Nature子刊:墨尔本大学贺纪正组综述土著作物微生物组对可持续农业的潜力!

现代农业实践主要依靠工业生产的农药(例如化肥和农药)来促进粮食生产。这些集约化的农业制度加剧了温室效应,并造成了严重的环境问题,例如大气污染、地表水和地下水富营养化以及土地酸化和降解。因此...

2021-04-27 07:00:00 142

转载 Gut:粪便病毒组移植减轻2型糖尿病和肥胖症模型小鼠的相关症状

本文转自无菌动物,原文 链接 https://mp.weixin.qq.com/s/1hfXTQg9U3HmXAvcXyUgyA粪便病毒组移植减轻2型糖尿病和肥胖症模型小鼠的相关症状供稿人...

2021-04-26 07:00:00 141

转载 这个神奇的网站提供各种图的代码供您参考!

https://www.r-graph-gallery.com/点击去每一个都有代码和数据网址:https://www.r-graph-gallery.com/猜你喜欢10000+:菌群分...

2021-04-25 07:00:00 100

转载 Nature综述:微生物沿着寄生-共生连续体进化和转变!

自然界中广泛存在着寄生和互惠共生的微生物关系。当微生物(即细菌、真菌和病毒)在动物或植物体内或身上栖息,并对宿主造成损害或赋予其利益时,就会发生这些相互作用。寄生微生物(包括病原体)可以利...

2021-04-25 07:00:00 172

转载 微生物组学大数据:如何挖掘与利用?

本文转自肠道产业,点我阅读原文,有修改这是《肠道产业》第 583 篇文章编者按:随着二代测序技术的成熟,微生物组领域蓬勃发展,并产生了大量数据,近年来研究所涉及的样本量和测序数据量更是快速...

2021-04-24 07:00:00 122

转载 PCE:南农张瑞福组揭示微生物肥料菌种芽孢杆菌应对植物免疫防卫实现根际定殖的新策略...

根际微生物是植物的第二基因组,对植物的生长和健康具有重要作用,其中的根际促生菌是微生物肥料的主要生产菌种,是支撑农业绿色发展的重要投入品。肥料微生物生存于根际土壤,作用于植物根系,其在植物...

2021-04-24 07:00:00 147

转载 Cell:浙大张兴/朱永群组揭示细菌鞭毛马达结构、组装与扭矩传输机制

2021年4月20日,浙江大学基础医学院张兴教授实验室和生命科学研究院朱永群教授实验室合作在Cell杂志在线发表了题为“Structural Basis of Assembly and T...

2021-04-23 07:00:00 109

转载 近9分的生信杂志发了一篇Venn图工具大比拼

2021年4月12日,西南大学前沿交叉学科研究院生物学研究中心王翊教授研究组在生物信息学领域top期刊《Briefings in Bioinformatics》上发表题为“Venn dia...

2021-04-23 07:00:00 192

转载 中科院昆明植物所李爱荣组诚聘博士后—根部半寄生植物的根际过程及调控机理...

中科院昆明植物研究所李爱荣研究组诚聘博士后根际过程与植物保育研究组以具有重要生态功能或经济价值的根部半寄生植物为研究对象,重点研究根部半寄生植物的根际过程及调控机理,以期为这一植物类群的资...

2021-04-22 07:00:00 68

原创 csvtk:表格处理神器-美化、统计、头表、合并、转置、筛选、取样、去冗余 、分列、分类汇总和简单绘图...

写在前面CSV/TSV作为数据科学和组学分析的基本格式,其实本质上均为txt格式的表格,CSV是按逗号分隔,TSV是以制表符分隔的表格。这两种格式数据格式应用非常广泛。比较常用的处理软件包...

2021-04-22 07:00:00 236

原创 浅析R语言单因素方差分析中的多重比较

浅析单因素方差分析中的多重比较本脚本侧重于单因素方差分析中多重比较方法的运用;就不展示数据正态性及齐次性的运算了(默认都符合,一般理化数据是都符合的);有的人喜欢用Tukey检验,但会遇到...

2021-04-21 07:00:00 633

转载 农林废弃物如何变废为宝?

点击上方蓝字关注Subscribe for more低廉、可再生的农林废弃物在生物燃料和其他化学品生产中具有广阔的应用价值。然而,昂贵且繁琐的生产步骤阻碍了低值废弃物向高值化学品转化的脚...

2021-04-21 07:00:00 55

原创 BiB: 电子科大邹权组构建基于肠道菌群平衡的疾病预测模型及微生物生物标志物发掘平台...

Briefings in Bioinformatics: 电子科技大学邹权组研发自动构建基于肠道微生物平衡的疾病预测模型及微生物生物标志物发掘平台DisBalance: 自动构建基于肠道微...

2021-04-20 07:00:00 239

原创 Microbiome:利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组

Microbiome:利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组香港大学张彤教授团队,利用三代Nanopore高通量测序技术解析了污水处理体系可移动抗性基因组,揭示...

2021-04-20 07:00:00 87

原创 MPB:遗传发育所白洋组-​高通量分离培养和鉴定植物根系细菌

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅...

2021-04-19 07:00:00 661 1

原创 QIIME 2教程. 32如何写方法和引用Citing(2021.2)

引用QIIME 2Citing QIIME 2https://docs.qiime2.org/2021.2/citation/请注意,几乎所有QIIME 2插件都实现独立于QIIME 2框...

2021-04-18 07:00:00 79

转载 EBioMedicine:西湖大学郑钜圣组-乳制品摄入与肠道微生态、心血管代谢健康的关系...

近日,西湖大学生命科学学院郑钜圣课题组在柳叶刀子刊《EBioMedicine》上发表了题为Multi-omics analyses reveal relationships among d...

2021-04-18 07:00:00 64

转载 ​JGG | TaxonKit:一款实用又高效的NCBI分类学数据工具包

DOI:https://doi.org/10.1016/j.jgg.2021.03.006JGG | TaxonKit:一款实用又高效的NCBI分类学数据工具包2021年4月15日,JGG...

2021-04-17 07:00:00 93

原创 QIIME 2教程. 31名词Glossary(2021.2)

名词解释User Glossaryhttps://docs.qiime2.org/2021.2/glossary/译者注:以下是QIIME 2中经常会用到的术语,由于有些术语无法准确翻译为...

2021-04-17 07:00:00 54

原创 QIIME 2教程. 30补充资源SupplementaryResources(2021.2)

补充资源 Supplementary resourceshttps://docs.qiime2.org/2020.11/supplementary-resources/教学内容 Educa...

2021-04-16 07:00:00 42

转载 Protein & Cell:心血管疾病中的肠道微生物及其潜在的治疗应用

编者按:国内著名英文学术期刊 Protein & Cell 与热心肠研究院于去年再次合作,推出以“微生物组:迈向转化”为主题的人类微生物组专刊,邀请国内外有突出学术贡献的微生物组研...

2021-04-16 07:00:00 316

原创 QIIME 2教程. 29参考数据库DataResources(2021.2)

数据资源 Data resourceshttps://docs.qiime2.org/2021.2/data-resources/q2-feature-classifie使用的分类学分类器...

2021-04-15 07:00:00 102

转载 Nature综述:宏基因组测序研究耐药基因的方法和资源

本文转自红皇后学术,链接https://mp.weixin.qq.com/s/2QMrq6hwr4mIPSpe_rfXJg论文信息论文题目:Sequencing-based method...

2021-04-15 07:00:00 765

原创 MPB:清华杨云锋组-利用GeoChip分析环境微生物功能基因群落结构

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅...

2021-04-14 07:00:00 248

原创 QIIME 2教程. 28社区Community(2021.2)

社区 Communityhttps://docs.qiime2.org/2021.2/community/与QIIME 2社区保持联系并保持最新状态的方法有多种。论坛 QIIME 2 Fo...

2021-04-14 07:00:00 49

转载 高级转录组调控分析和R语言数据可视化第十三期 (后天开课)

福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程、转录组线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在365天内选择参加同课...

2021-04-14 07:00:00 98

原创 微生物组-扩增子16S分析第12期(报名直播课免费参加线下2021.7)

文章目录课程简介课程大纲一、生信基础知识和技巧二、图表解读和绘制三、扩增子基础和分析流程四、可重复计算和统计绘图五、功能预测和机器学习六、网络和环境因子分析往期精彩回顾主讲教师刘永鑫 中科院 高级工程师陈同 易汉博基因科技 CEO助教团队授课模式培训时间授课地点课程价格[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-HgPD16HM-1618310379833)(http://bailab.genetics.ac.cn/markdown/train/1809/metageno

2021-04-13 18:39:53 89

原创 QIIME 2教程. 27语义类型Semantic(2021.2)

语义类型Semantic typeshttps://docs.qiime2.org/2021.2/semantic-types所有的QIIME 2的对象(documentation)都定义...

2021-04-13 07:00:00 26

转载 那个一年发了4篇Cell的研究生,后来怎么样了?

我们听说过太多研究生期间的学霸,工作数年后,泯然众人矣。在离开研究生平台后,如何维持强大的科研创新能力?美国的Ronald D. Vale做出了榜样。读研究生的1985年,年仅26岁就以第...

2021-04-12 07:00:00 99

原创 QIIME 2教程. 26为QIIME 2开发新插件DevelopingPlugin(2021.2)

为QIIME 2开发新插件Developing a QIIME 2 pluginhttps://docs.qiime2.org/2021.2/plugins/developing/注意:本...

2021-04-12 07:00:00 48

转载 朱永官、张福锁 等:土壤微生物组与土壤健康

土壤是自然界最复杂的生态系统之一,健康的土壤是维持土壤生态系统服务功能可持续性及保证粮食安全的关键。土壤质量是健康土壤的核心,自20世纪90年代初以来,土壤质量得到研究者和相关从业人员的广...

2021-04-12 07:00:00 420

转载 Nature子刊:三代Nanopore测序检测细菌和菌群多种DNA甲基化类型的新方法

人类基因组中最广泛的 DNA 甲基化为5-methylcytosine (5mC),而细菌中有三种常见的 DNA 甲基化: N6-methyladenie (6mA), N4-methyl...

2021-04-11 07:00:00 277

原创 QIIME 2教程. 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins(2021.2)

可用插件Available pluginshttps://docs.qiime2.org/2021.2/plugins/available/用户可以通过插件使用QIIME 2微生物组分析功...

2021-04-11 07:00:00 92

转载 Cell:人体肠道菌群的长期遗传稳定性和个体特异性

Cell:人体肠道菌群的长期遗传稳定性和个体特异性本文由小贤哥(胡世贤)编译The long-term genetic stability and individual specifici...

2021-04-10 00:00:00 644

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909),可下载后解压,替换Windows中R语包安装目录,如我的文档,R,win-libarary,4.0

2020-09-09

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发表于 2020-01-02 最后回复 2020-08-23

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