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刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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原创 西湖大学鞠峰组:环境微生物的宏基因组学实例与新发现

环境微生物的宏基因组学实例与新发现鞠峰1, 2, 3 *, 王慧1, 21 浙江省海岸带环境与资源研究重点实验室,工学院, 西湖大学, 杭州, 浙江2 前沿技术研究所, 浙江西湖高等研...

2021-06-30 07:00:00 117

原创 NC:噬菌体中无机硫辅助代谢基因的生态学研究

翻译:周之超@UW-Madison广泛存在的噬菌体中无机硫辅助代谢的生态学Ecology of inorganic sulfur auxiliary metabolism in wides...

2021-06-29 07:00:00 70

转载 微生物入侵:过程、模式与机制

点击蓝字关注我们题目:Microbial Invasions: The Process, Patterns, and Mechanisms微生物入侵:过程、模式与机制期刊:Trends ...

2021-06-28 07:00:00 96

转载 IF10+的数据库文章!这里有5个案例,一起发起来?

生物信息分析离不开数据资源和数据库,生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。下面再分析5个我们承建发表的数据库,3篇NAR,一篇BIB,一篇Nature protoc...

2021-06-27 07:00:00 56

转载 调控微生物改善土壤,生物制剂能否开启农业新篇章?

这是《肠道产业》第 593 篇文章本文转自肠道产业,原文链接https://mp.weixin.qq.com/s/U8ArQ2vF585ZC8_ag21LpQ编者按我们脚下的土壤中蕴含着...

2021-06-27 07:00:00 65

转载 蚂蚁森林最高效的合种团队,新树冷杉6天合种成员招募

种树,让地球更美丽、更健康宏基因组蚂蚁森林公益合种团队。现诚招队友,带你2000~6000g能量种10~30万能量大树,每天浇水一千,每种树循环种。热爱种树、保证支付宝每天10点前浇水10...

2021-06-26 07:00:00 136

转载 第一:做学位论文期间,不要有任何度假休息的打算;第二,导师错的时候不多;第三……...

内容来源:科学网博客,作者王德华研究生从大学生生活转换到研究生生活,在思想意识上,学习和工作方法上,都需要进行一些改变。如果转变不好,会严重影响研究生阶段的学习和工作。研究生阶段已经再也不...

2021-06-26 07:00:00 125

原创 西湖大学鞠峰组:环境宏病毒组学分析思路与常用工具

环境宏病毒组学分析思路与常用工具袁凌1, 2,倪艳4,鞠峰1, 2, 3 *1 浙江省海岸带环境与资源研究重点实验室,工学院, 西湖大学, 杭州, 浙江2 前沿技术研究所, 浙江西湖高...

2021-06-25 07:00:00 112

原创 75分钟入门微生物组数据分析和结果解读—刘永鑫(合肥,2021年6月23日)

感谢中科院南京土壤所褚海燕老师的邀请,参加《土壤生物多样性与生物化学过程研讨会》的《微生物生态与生物信息技术培训》专场。本次会议800余人的规议,第三天现场仍然座无虚席如下:报告现场讲台报...

2021-06-24 06:48:46 214

转载 病从口入:土壤菌群如何影响肠道健康

这是《肠道产业》第 647 篇文章,原文:https://mp.weixin.qq.com/s/Kl4y0M7AU9IVshxzN-9HqA编者按近年来的研究表明,土壤微生物或许与人体健康...

2021-06-23 07:00:00 61

原创 Nature子刊:宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程

宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程从宿主相关的短读长鸟枪宏基因组测序数据中恢复原核基因组Recovering prokaryotic genomes from host-associate...

2021-06-22 07:00:00 214 3

原创 ISME:中国林科院亚林所袁志林组揭示盐碱地根系深色有隔内生真菌种群基因岛的正向选择机制...

基因岛遗传分化导致了盐生植物根系真菌黑色素合成的分子进化Divergence of a genomic island leads to the evolution of melanizat...

2021-06-21 07:00:00 68

转载 关于植物和共生微生物,这116张PPT讲明白了(值得收藏!)

这个PPT描述了两种非常亲密的共生关系:一种是在细菌(根瘤菌或Frankia)与其寄主植物之间发生的,导致固氮根瘤的产生。另一个是两种不同类型的菌根真菌与其寄主植物之间的相互作用,导致营养...

2021-06-20 07:00:00 116

原创 青年生命科学论坛报告:扩增子和宏基因组数据分析与可视化流程—刘永鑫(北京210606)...

感谢中科院动物所青促会组织的第三届青年生命科学论坛的邀请,参加本次大会,并和微生物所王军老师共同负责了《微生物组》专题的召集工作。感谢11位微生物组专题报告人的辛苦准备和分享。现将本次15...

2021-06-19 07:00:00 99

转载 我,某大学副教授+副处级,工资7300/月,老婆天天骂我窝囊废……

中部211副教授, 国家和学校给的钱,到手7000块左右,年底学校有1W多的岗位津贴绩效以及学院的5000块奖金,这些一年有10W;课题组一般每年有3万左右;学校的公积金和住房补贴包含自己...

2021-06-19 07:00:00 240

原创 NBT:人类肠道培养细菌的1520个基因组

人类肠道培养细菌培养组的参考基因组集人类肠道培养细菌的1520个基因组扩展微生物组功能分析1,520 reference genomes from cultivated human gut...

2021-06-18 07:00:00 128

转载 EM: 生而为菌,自强不息-嗜酸杆菌在重金属污染土壤中的生态适应性机制

宏基因组分析揭示了重金属污染土壤中嗜酸杆菌纲菌的代谢潜力Metabolic potentials of members of the class Acidobacteriia in met...

2021-06-17 07:00:00 70 1

原创 宏基因组数据提交GSA指南

GSA简介GSA是Genome Sequence Archive的缩写,即基因组序列存档,由中科院基因组所主办。网址:http://gsa.big.ac.cn/之前介绍过NCBI提交测序数...

2021-06-16 07:00:00 134

转载 这个Venn 网络很漂亮!3分钟带你绘制!

再来3分钟看看EVenn的主要功能访问网址:http://www.ehbio.com/test/venn猜你喜欢10000+:菌群分析宝宝与猫狗梅毒狂想曲 提DNA发NatureCe...

2021-06-16 07:00:00 135

转载 连续发表三篇NAR的数据库文章——数据库承建

生物信息分析离不开数据资源和数据库,生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。下面再分析3个我们承建的NAR发表的新数据库,以飨读者。中医药方剂的数据库,收录方剂、药材...

2021-06-15 07:00:00 48

原创 NBT:牛瘤胃微生物组的4941个宏基因组组装基因组(MAG)

牛瘤胃微生物组的参考基因组集用于瘤胃微生物组生物学和酶发现的4,941个瘤胃宏基因组组装基因组集Compendium of 4,941 rumen metagenome-assembled...

2021-06-15 07:00:00 114

转载 Nature子刊评论:2020年后,微生物组将如何发展?

本文转自肠道产业,链接 https://mp.weixin.qq.com/s/zMV6xugLHRcKwHTTM_SpLQ编者按:去过十年中,微生物组领域快速发展,产生了大量的数据。这些数...

2021-06-14 07:00:00 103

转载 Microbiome:浙大马忠华团队-生防细菌抑制病原真菌新机制

浙大农学院马忠华教授团队在Microbiome上发表论文揭示生防细菌抑制病原真菌新机制2021年6月7日,国际知名微生物学期刊Microbiome在线发表了农学院马忠华团队题为“Post-...

2021-06-13 07:00:00 94

转载 Microbiome:微生物所刘双江组建立人肠道微生物资源库(hGMB)

转自微科盟,原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/sC6G41jMEWyd0odQ18nDPw导读在肠道微生物组学研究中,培养的肠道微生物资源起着至关重要的作用,...

2021-06-12 07:00:00 415

转载 Microbiome:城环所杨军组-小幅盐度变化改变了城市水库微型真核浮游生物群落的构建过程和网络稳定性...

全球内陆淡水水体盐度普遍正处于上升阶段,这种现象被称为淡水盐碱化综合征。模拟预测,未来淡水盐碱化将逐渐成为全球面临的首要生态环境挑战之一。淡水盐碱化会影响饮用水资源和破坏基础设施,例如管道...

2021-06-11 07:00:00 54

转载 天昊Accu16S细菌绝对定量测序项目登陆顶级环境杂志《Journal of Hazardous Materials》...

“昊”文章期刊名: Journal of Hazardous Materials使用技术:微生物Accu16STM细菌绝对定量测序近期,国际顶级环境科学类学术期刊《Journal of H...

2021-06-11 07:00:00 58

转载 招聘 | ​浙江农林大学孙学鹏团队招聘事业编制科研人员

一、课题组简介:孙学鹏博士,浙江农林大学园艺基因组学与分子育种研究团队负责人。2015年博士毕业于浙江大学,随后进入康奈尔大学Boyce Thompson研究所从事博士后研究。2021年3...

2021-06-10 07:00:00 56

转载 环境DNA高通量测序问题及解决SOP (Part 1: From sample to data)

高通量测序技术是对传统测序的革命性改变,基于扩增子的高通量DNA测序方法是目前国际上微生物群落研究中最方便、最经济、最有效的常规方法之一。然而不同研究会产生不同的结果,这通常是基于DNA序...

2021-06-10 07:00:00 74

原创 R包animalcules-一键式交互探索微生物组数据

写在前面这个包最优雅的地方在于交互式,所以学习的主要目的也就是交互式的实践。交互图可以很好的探索数据,但一般不支持输出矢量图,不方便下游编辑和修改和用于发表。如果你找到了导出矢量图方法,请...

2021-06-09 07:00:00 89

转载 中农王金锋组诚聘微生物组学方向博士后

课题组诚聘微生物组学/生物信息学方向博士后中国农业大学食品科学与营养工程学院王金锋课题组,主要通过生物组学与食品营养学科的交叉融合,开展“消化道菌群与人体代谢”、“营养组学与健康维护”、“...

2021-06-08 07:00:00 50

转载 中科院基因组所高远组诚聘生物信息学方向助理/副研及博士

中科院北京基因组研究所高远课题组中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)国家基因组科学数据中心高远课题组因科研工作需要,现公开招聘计算及实验生物学方向助理/副研究员3名及特别研究助理...

2021-06-08 07:00:00 105

转载 985硕博导师:如果你没空看书,我强烈建议你做这件事

昨天在微博上看到一个网友的投稿:研三了,我经常陷入自我怀疑,感觉就是骑虎难下。句句扎心,路过的研究僧们都在评论里抱团宣泄。考研难,读研难,毕业后更难!刚入学时,很多人被导师的光环所吸引。然...

2021-06-08 07:00:00 119

转载 增强版在线LEFSe分析和可视化鉴定标志性基因或物种

LEfSe分析即LDA Effect Size分析,是一种用于发现和解释高维度数据 生物标识(基因、通路和分类单元等)的分析工具,可以进行两个或多个分组的比较,它强调统计意义和生物相关性,...

2021-06-07 07:00:00 185

转载 The Innovation | Call for Youth Editors 青年编委招募

“The Innovation” launched in May 2020 and rigorously follows the same peer review, editorial, ...

2021-06-05 07:00:00 282

原创 MPB:地大郭东毅等-一种针对重金属污染土壤的高效DNA提取方法

为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量,本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅...

2021-06-05 07:00:00 80

转载 mSystems和Microbiology Spectrum杂志“肠道微生态专题”论文征稿

美国微生物学会(American Society for Microbiology,ASM)是生命科学领域中全球最大且历史最悠久的会员组织,创办了多个高影响力学术期刊。目前会员超过 300...

2021-06-04 12:00:00 354

转载 The Innovation | Volume 2 Issue 2 正式出版

Volume 2 Issue 22021年05月28日The Innovation第二卷第二期正式出版封面解读Earth, our home, covered by 70% water a...

2021-06-02 07:00:00 57

转载 Medicine in Microecology:母婴微生物组专刊征稿(陈廷涛、王金锋)

SpecialIssue "Maternal and infant microbiome" Dysbiosis has been shown to be widespre...

2021-06-01 07:00:00 57

转载 The Innovation | 直接病原学证据:无症状患者可引起COVID-19传播

导 读世界依然笼罩在COVID-19(新冠肺炎)大流行的阴影中。有限的流行病学调查显示,无症状患者可引起SARS-CoV-2(新冠病毒)传播,从而成为疫情防控中的薄弱环节。但受限于调查覆盖...

2021-06-01 07:00:00 29

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909),可下载后解压,替换Windows中R语包安装目录,如我的文档,R,win-libarary,4.0

2020-09-09

刘永鑫Adam的留言板

发表于 2020-01-02 最后回复 2020-08-23

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